Võrtsjärves elab veidi vähem kui pool Eestis elavatest kalaliikidest. Neist 35 järves leiduvast kalaliigist on kaluritele kõige ahvatlevamad koha, angerjas, latikas ja haug, aga ka ahven ning särg, keda esineb siin arvukalt. Röövkalade toidulaud on rikkalik. Võrtsjärv on eelkõige koha järv. Sellele kalale sobib hästi järve madal, kiiresti soojenev sogane vesi, kus leidub ohtrasti kudemiseks sobivaid kivivaresid. Koha toidumenüüsse kuuluvad siin arvukalt esinevad tindid ja muud peenkalad.

Angerjas on alati olnud Võrtsjärve põlisasukas, kuid 1950. aastatel Narva hüdroelektrijaama ehitamine tõkestas kala loodusliku tee järve. Et see delikatesskala järvest lõplikult ei kaoks, lasti sinna ajavahemikul 1956-1999 üle 40 miljoni angerjamaimu.

Põhjamuda põhielanikeks on surusääsklaste vastsed, keda innukalt songivad mudast endale toiduks kiisk, latikas ja teised bentostoidulised kalad.
Põhjaloomade elustiku hulgalt ja mitmekesisuselt on Võrtsjärv palju vaesem kui Peipsi järv, kuid siiski leidub siin umbes 800 loomaliiki ja vormi. Küllalt arvukalt on järves loomhõljureid: vesikirbulisi, aerjalalisi ja koorikloomi. Tähtsamateks põhjaloomade rühmadeks on veel väheharjasussid ja limused.

Linnud. Järve roostikus ja saartel kohtab kümneid linnuliike. Veelindude paradiisiks on järve lõunaosa, kus rikkalik veetaimestik loob neile soodsa kõrvalise pilgu eest varjatud elupaiga. Avavee piiril olevasse roostikku ehitab oma ujuvpesa kaladest toituv vähearvukas tuttpütt. Õnne korral võib näha tuttpüttide mitmekesist ja tähelepanuväärset kevadist paarimismängu.
Vee kohal võib silmata väikest tumedat lindu, kes oma käänulise lennuga jahib vee piiril putukaid ja näeb välja nagu suur pääsuke – see on mustviires. Mõnedki on võib-olla kohvipruuni peaga väikest naerukajakat näinud vaid linnas prügikastis sorteerimas, siin aga kohtame teda oma loomulikus keskkonnas.
Kui näete parti, kellel on lumivalge kulmutriip ja teeb sellist häält, nagu tõmmataks küünega üle kammipiide, siis võite temas ära tunda pelgliku rägapardi. Tavalisteks pesitsejateks partide peres on ka siin sinikaelpardid. Väikestele värvulistele on siinsed roostikulaamad kui vägev dzhungel, mis peidab teiste seas virtuoosliku lauluga kõrkja-roolindu ja “varblasehäälega” rootsiitsitajat.
Udupasuna kumedat hüüdu, mis meenutab tühja pudelisse puhumisel tekkivat kaugele kostvat heli, teeb roostikku varjunud hüüp. Seda häält kuuleme enamasti öötundidel. Roostiku, luhtade ja rannaniitude kohal hõljub väikesi imetajaid, linde,pesapoegi ja konni jahtiv rooloorkull.
Võrtsjärve lõunaosas, heal juhul, liugleb või on rappelennul valge kõhuga haruldane kalakotkas. Võrtsjärv ja selle ümbrus pakuvad jalgratturist linnuhuvilisele kindlasti palju põnevat. Seljakotti või jalgrattakorvi võiks ju poetada binokli ja linnumääraja.

Karvased loomad. Võrtsjärv ja tema kaldaalad pakuvad sobivaid elupaiku poolveelise eluviisiga imetajatele. Tiheda kaldataimestiku varjus, eriti jõgede ja ojade suudmealadel, näitab end aeg-ajalt Ameerika päritolu ja kunagi karusnahafarmidest pagenud tume ja vilgas kogu – mink ehk ameerika naarits.
Vee peal hulbib pika kärsamoodi koonuga pisike vesimutt, nagu õngekork, mida liigutab õngekonksu otsa pandud saiakuulikest näksiv viidikaparv. Suured maa seest väljaaetud mullahunnikud luhtadel ei kuulu muttidele, nagu ekslikult arvata võib, vaid hoopis rotisuurusele tömbi näoga elukale – mügrile ehk vesirotile.
Kopra kui professionaalse puudelangetaja tegevusjälgi kohtame harva, enamasti jõgede, ojade ja kraavide kallastel. “Poolveelisteks” loomadeks muutuvad vahel ka metssead, kellele meeldib roostikus mudavanne võtta. Teisigi karvaseid loomi longib mõnikord järve kaldal – metskits, põder, rebane...